karta nvidia gtx 260 msi mi się przegrzewa i wyłącza komputer

To znaczy w idle jakie ma temperatury ?
Na wersji Sp216, 55nm powinny oscylować w granicy 50-55st.
Pokaż zrzuty z aktualnego GPU-Z, MSI Afterburner.
Przypadkiem nie flashowałeś biosu grafiki ? Taktowanie stockowe ? Może jakimś innym softem był zmieniony próg w którym zaczynało pracować chłodzenie. Dobrze to poskładałeś po wymianie pasty ? Thermopady zmieniałeś na układach - pamięć GDDR, mosfety i mostek nvio ? Po tak długim czasie tracą swe właściwości i być może przez to nagrzewa się np sekcja zasilania co powoduje wyłączenie grafiki a przy okazji i całego sprzętu.