Problem z wyswietlaniem folderow po reinstalacji systemu

Robiąc reinstalacje systemu zgrałem wszystkie ważne pliki na dysk zewnętrzny, a następnie przegrałem je na świeżo zainstalowany system. Po kilku dniach używania nagle zauważyłem ze w moim głównym folderze nie widać podfolderów. Kiedy klikam na niego prawym właściwości cały folder ma taka wagę jak wcześniej oraz podaje ze wewnątrz znajduje się 10 folderów a kiedy wchodzę do środka widzę tylko 3. Sprawdzałem opcje ukrytych folderów nie pomaga.
Szukając rozwiązania w Google trafiłem na taki temat:
http://peb.pl/logi-do-sprawdzenia/793657...wiera.html
mam zainstalowany Daemon Tools ale nie wiem czy wykonywanie tych instrukcji możne mi pomoc tym bardziej ze czytałem iż używanie combofixu jest ryzykowane i ryzykuje utrata danych możne ktoś z was miałby dla mnie jakieś rozwiązanie?