Błąd przy bootwaniu intalacyjnego pendrive z Windows 7 - Mrugająca kreska.

Więc do instalacji odpinasz starucha.
Po instalacji odpinasz ten z SATA, wpinasz drugi i za pomocą dowolnego programu bootowalnego do partycjonowania np GParted, Partition WIzard wycinasz wszystkie partycje na nim (wipe) a potem stawiasz np jedną podstawową w systemie NTFS.
Podpinasz oba dyski i w biosie jest coś podobnego do hdd boot priority - nie mylić z główną opcją do ustawiania boot'a. Ta opcja ustawia tylko kolejność bootwania dysków.
Poza tym odnośnie pytania - nie wiem jak ustawiłeś sobie kolejność rozruchu. Ja mam propozycję abyś uruchomił tzw boot menu z klawisza F11 (nie pamiętam czy wszystkie modele MSI tak miały) podczas startu i wszedł w opcję Hard disk i wybrał pena - identycznie mają Gigabyte'y. Ludzie często się wykładali bo myśleli iż boot z pena to usb-hdd a to było wykrywane jako zwykły hdd.