System nie uruchamia sie normalnie po instalacji z pendriva

No fakt. Gdybyś napisał iż posiadasz 2 fizyczne dyski. W tym wypadku myślę iż sprawę mogło rozwiązać zmiana kolejności bootowania tych dysków czyli hdd boot priority jeśli coś tak takiego masz. Rekord rozruchowy (nie mylić z MBR) musiał istnieć na drugim dysku na którym nie stał system. To przez enumerację dysków jaką ustawia sobie instalator.
Pseudo recovery tez jest dobrą opcją - korzystałem wielokrotnie. Skraca czas tym bardziej jeśli nie mamy zawsze pena pod ręką (albo za mała pojemność albo trzeba go przygotować). No i sprawa transferu z dysku a jakiegoś pena z wolnymi transferami.