Po załadowaniu pulpitu Windows 7 nie wykrywa myszki i klawiatury

Nie, dysk nie ma tutaj żadnego wpływu.
Podaj pełną specyfikację sprzętu.
Wszelkie sterowniki do płyty głównej zainstalowane i aktualne ? System z poprawkami i SP1 ?
Spróbuj wpiąć tylko jakąś zwykłą mysz i klawiaturkę. Możesz też użyć dowolne distro livecd i zobaczyć jak się będzie zachowywać. Podejrzewam, że to zupełnie nie wina sprzętowa.
W najgorszym razie stawiasz system od zera, sterowniki i robisz kopię zapasową do ewentualnego przywrócenia obserwując potem zachowanie peryferiów jak i tego co dokładnie działo się z systemem.
Napięcie z portów USB lekko ponad 5V jak i ciut poniżej jest jak najbardziej w normie. Zresztą domowe mierniki nie są laboratoryjne za sporą kasę więc idealnie nie pokaże.